Missing coverage evidence...
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CAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAC  >  minE/1939788‑1939849                                                              | cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCTGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCGAc  <  1:1185314/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:3496110/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2502681/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2561446/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2635699/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2733964/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2832950/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2839968/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2876164/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2896794/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:3155966/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:3273812/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:3280477/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:3345858/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1051089/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:3620356/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:392694/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:397029/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:493866/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:536087/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:549613/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:559197/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:627196/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:689965/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:984273/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1794806/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1014900/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1180370/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:118344/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1207847/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1288550/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:133757/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1381537/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:153499/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:158997/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1643909/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:166669/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2462849/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1799976/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1945873/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1953132/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:206916/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2253293/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2263349/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2290484/62‑1 (MQ=255) cAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2383554/62‑1 (MQ=255) cAGAACCTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2418703/62‑1 (MQ=255)  aGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:2108818/61‑1 (MQ=255)            cGCATCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAc  <  1:1870155/51‑1 (MQ=255)                                                              | CAGAACGTAAACGCAGCATCATGCCGCTCTTAATCATCCACGGTGCTTTGACGATGCTCCAC  >  minE/1939788‑1939849

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑