Missing coverage evidence...
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GAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTC  >  minE/2005296‑2005356                                                             | gAACTTTGGTGTACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1302306/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:3233218/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2635413/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2744357/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2763350/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2766993/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2776627/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:297205/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:3171502/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:3230745/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1140735/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:3308803/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:3409684/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:3594663/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:40129/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:422648/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:643289/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:736471/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2577290/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1143781/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1179279/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1240698/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1308327/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1533563/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1558068/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1682697/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1949649/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:21663/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2410855/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2440420/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2531516/61‑1 (MQ=255) gAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:2619417/61‑1 (MQ=255)  aaCTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:379477/60‑1 (MQ=255)      ttGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:396975/56‑1 (MQ=255)      ttGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:847387/56‑1 (MQ=255)                       aCTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1118625/39‑1 (MQ=255)                          gTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTc  <  1:1713225/36‑1 (MQ=255)                                                             | GAACTTTGGTGAACTCTTCCGGACTGTTCAGGTGCCAGGTCGAAACGCCTTTCAGCATTTC  >  minE/2005296‑2005356

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑