Missing coverage evidence...
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ACTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTC  >  minE/2083482‑2083543                                                              | aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:432956/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2811400/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2874644/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2946985/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2985881/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:3009873/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:3064607/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:33016/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:3364799/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:3400619/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:400398/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:412278/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2779486/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:540666/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:606744/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:692557/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:695913/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:728387/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:797674/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:850885/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:853613/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:91311/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:956699/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2388351/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1414993/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1564594/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1649367/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1653418/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1794772/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1994456/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:202618/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2060737/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2095656/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2374856/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:1160293/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2542426/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2576417/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:259038/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2610811/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2631194/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2635349/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2639640/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2653642/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:265881/1‑62 (MQ=255) aCTCTGGGTTACATGCACGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTc  >  1:2666562/1‑62 (MQ=255)                                                              | ACTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTC  >  minE/2083482‑2083543

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑