Missing coverage evidence...
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AAAACTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCAA  >  minE/2147573‑2147634                                                              | aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2214070/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:987969/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:537041/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:533858/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:3633330/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:3263763/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:3161393/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:3121174/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2945177/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2849221/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2840864/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:264752/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2641159/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:252575/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2303600/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1011014/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2207692/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2201761/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2200236/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2197494/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2135549/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:202426/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1978985/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1829699/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:176514/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1718560/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1715690/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1540941/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:137612/62‑1 (MQ=255) aaaaCTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:1204365/62‑1 (MQ=255)       actaAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCaa  <  1:2892856/56‑1 (MQ=255)                                                              | AAAACTACTAAAAGAGCTTCATACATAATCAACCTGTTCCTTGCGGAGTTGCCGCGTACCAA  >  minE/2147573‑2147634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑