Missing coverage evidence...
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ACTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGCCC  >  minE/2244604‑2244640                                     | aCTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:624521/37‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:466576/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2833496/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2936657/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3053102/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3060890/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3062516/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3318360/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3442735/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3502291/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3569010/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:3608637/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:435701/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:437601/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:45299/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2791580/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:537224/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:563632/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:607030/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:648942/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:650273/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:691326/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:717485/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:732740/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:758596/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:880714/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:905836/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1991804/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1122105/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1230006/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1237299/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1309527/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1506096/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1522733/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:167167/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:167506/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1737443/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1797404/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1864875/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1884945/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1895672/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:1098834/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2005400/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2216309/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:228822/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2393405/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2505570/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:256756/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2594547/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2596967/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2624147/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2680978/36‑1 (MQ=255)  cTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2763145/36‑1 (MQ=255)   tGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:332055/35‑1 (MQ=255)   tGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGccc  <  1:2613961/35‑1 (MQ=255)                                     | ACTGGAGTGACATCAACGGGCTGGCGCAGCAGCGCCC  >  minE/2244604‑2244640

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑