Missing coverage evidence...
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CCGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATCC  >  minE/199647‑199708                                                              | ccGTCTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3090352/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGTTCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2622218/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3545723/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1167750/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:283848/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3007348/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3435021/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3474213/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3529180/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2752864/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3620392/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:376497/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:788476/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:879235/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:89382/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:896027/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:954865/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1885579/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1185898/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1296819/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:142754/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:14683/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1564425/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1579344/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:174357/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1790172/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2596536/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1893987/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1898152/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1915894/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:1922321/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2227166/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2350682/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2354502/62‑1 (MQ=255) ccGACTTTAATGTGGGTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3003269/62‑1 (MQ=255)  cGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:468244/61‑1 (MQ=255)  cGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:683349/61‑1 (MQ=255)  cGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:2817635/61‑1 (MQ=255)                            tCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATcc  <  1:3512847/35‑1 (MQ=255)                                                              | CCGACTTTAATGTGGTTTGGATCTTTTTCATCCTGACCGCAGCCTACCAGTGCCAGTGATCC  >  minE/199647‑199708

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑