Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2258974	2258999	26	42 [1]	[0] 79	rpoB	RNA polymerase, beta subunit

CATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAACGACACC  >  minE/2258920‑2258979                                                      |       cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:406381/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:1090922/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2916618/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:3242280/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:3309633/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:3373031/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:3376103/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:3453882/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:363685/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:36515/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:39865/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2879503/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:408749/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:507502/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:539694/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:562028/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:57394/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:649261/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:771065/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:861363/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:893776/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2397102/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:1251720/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:1345224/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:1522045/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:1539781/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:184322/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:1874584/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2105046/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2164843/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2873724/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2487836/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2505226/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2577173/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2585171/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2590746/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2612160/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2629283/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2675013/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAACGacaga  >  1:3615280/1‑58 (MQ=255) cATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTCAAc        >  1:2147976/1‑54 (MQ=255) cATCTCGTCTTCCTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAAc        >  1:2175165/1‑54 (MQ=255)                                                      |       CATCTCGTCTTCGTTAACTTTGATAACGATACGGGAAGCATCCACGTACTGAACGACACC  >  minE/2258920‑2258979

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑