Missing coverage evidence...
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TGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAT  >  minE/2287310‑2287371                                                              | tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:3392251/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1327245/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2467940/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2541661/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2553760/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2610956/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2784814/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2864707/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2943709/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:3239286/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2435806/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:3421184/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:3557599/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:3622149/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:395908/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:438837/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:65900/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:737812/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:742168/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:910454/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2340352/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1331930/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1392733/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1402247/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1504688/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1575512/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1588045/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1597792/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1608762/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1860019/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1863853/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1877689/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:189927/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1903890/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2071317/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2072335/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2167415/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2307940/62‑1 (MQ=255) tGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:2422983/62‑1 (MQ=255)  gCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:3492063/61‑1 (MQ=255)  gCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:908788/61‑1 (MQ=255)                           tAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAt  <  1:1842266/36‑1 (MQ=255)                                                              | TGCGGATGGCGATTTACATAGGTCACTAGCTCTGCGCCAGCGTAGCCGCTGGCACCCACAAT  >  minE/2287310‑2287371

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑