Missing coverage evidence...
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AAAATTCTCCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCTGACACGGA  >  minE/2333085‑2333145                                                     |         aaaaTTCTCCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCTGACACGGa  >  1:1231412/1‑61 (MQ=255)      tctcCCGCGCTCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1735698/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3325543/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2281225/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2318583/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2323768/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2420671/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2666998/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2676999/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2829442/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3035498/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3046523/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3119974/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3151698/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2121852/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3442639/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3544308/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3613135/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:3624393/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:576313/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:696804/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:825922/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:884744/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:894482/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:904953/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:918620/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1537514/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1152305/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1257366/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1280107/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1313282/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1324953/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1341692/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1386077/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:143182/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1441749/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1470063/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2192292/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1614991/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1706613/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1716136/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1792604/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1831292/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1868733/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1893862/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:200325/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:2050842/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1006663/1‑48 (MQ=255)      tctcCCGCGCGCTGGGTAT‑CTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCt          >  1:1161986/1‑47 (MQ=38)                                                     |         AAAATTCTCCCGCGCGCTGGGTATGCTCGCGGTCGACAACCAGGCGCGTGTCTGACACGGA  >  minE/2333085‑2333145

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑