Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2344641	2344658	18	90 [0]	[0] 20	glnG	fused DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with GlnL, nitrogen regulator I (NRI)

TCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTGACGA  >  minE/2344594‑2344640                                               | tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGATCGGACGTTACTgacga  <  1:1710769/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3184436/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3404514/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3332721/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3328415/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3327020/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3278421/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:325581/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3238797/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3208640/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3208139/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3429551/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3136120/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3100242/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3095282/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3080396/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3017169/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2827386/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2827314/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1018010/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2694403/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2630844/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:581338/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:987691/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:932203/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:881459/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:847967/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:838025/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:745960/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:738818/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:677558/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:614051/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:609776/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:342405/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:541246/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:36771/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3633824/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3594151/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3573182/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3527133/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3473264/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3452695/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2792959/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:137589/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1820544/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1796531/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1699895/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1698535/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1652594/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1539960/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1483846/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1445140/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1420314/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:139835/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1765664/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:131586/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1303238/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1293087/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1270288/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1168362/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1141692/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1134850/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1090970/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:104498/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2284708/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2541145/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:244159/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2417299/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2392030/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2346196/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2342568/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1934929/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2274781/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2255879/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2229513/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2165950/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2137697/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2134302/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2102459/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2042943/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1979295/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1948780/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTCACTgacga  <  1:2987769/47‑1 (MQ=255) tCTGCTTGCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3610912/47‑1 (MQ=255) tCTGCTCTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:744667/47‑1 (MQ=255)  cTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:3008999/46‑1 (MQ=255)  cTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:836774/46‑1 (MQ=255)  cTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:2567394/46‑1 (MQ=255)     cTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:1102101/43‑1 (MQ=255)          cGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTgacga  <  1:703924/38‑1 (MQ=255)                                               | TCTGCTTTCCGAAGCGCAGCCAGAGCTGGAGCGGACGTTACTGACGA  >  minE/2344594‑2344640

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑