Missing coverage evidence...
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CAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCATT  >  minE/2352800‑2352860                                                             | cAGCCTATTGTCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3052183/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:343187/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1054321/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2947779/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3041459/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3140898/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3200066/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3280152/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3284409/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3299112/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3372471/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2886997/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3520434/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3565636/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3570636/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3629725/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:370680/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:461387/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:478807/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:800617/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:850560/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1720963/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1084251/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1102774/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1218311/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1223435/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1265013/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1314094/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1426197/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1427183/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1670294/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2682452/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:1976301/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2177855/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2180146/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2230121/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:239470/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2441418/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2521182/61‑1 (MQ=255) cAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2678135/61‑1 (MQ=255)      tATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:2199081/56‑1 (MQ=255)      tATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3604764/56‑1 (MQ=255)                     aCATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCAtt  <  1:3165194/41‑1 (MQ=255)                                                             | CAGCCTATTGCCGATGAGTTACATGGCGACTACATCAATGACAAAAGCTTTAAGCGCCATT  >  minE/2352800‑2352860

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑