Missing coverage evidence...
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AACGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTC  >  minE/215750‑215811                                                              | aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:3544461/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1280439/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2585265/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2729959/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2797067/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2858355/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2864729/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:297987/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:3286142/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2485888/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:578247/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:591639/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:649842/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:783182/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:805419/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:854795/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:940540/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:942032/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1848307/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1374410/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1464046/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:148962/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1504990/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1538502/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1569716/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:173843/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2482165/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1902090/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1933304/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:196182/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1991113/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2096701/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2376820/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2385074/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:2412825/62‑1 (MQ=39) aaCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTAACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:3501941/62‑1 (MQ=255)  aCGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:392617/61‑1 (MQ=37)   cgcgGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTc  <  1:1386922/60‑1 (MQ=35)                                                              | AACGCGGAGCGGTAGTTCAGTCGGTTAGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTC  >  minE/215750‑215811

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑