Missing coverage evidence...
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CGCAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGTT  >  minE/2443092‑2443147                                                        | cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3293139/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2486389/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2492927/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2496240/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2498645/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:287240/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2962567/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3106730/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3132040/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3140134/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3167308/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3213649/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3219270/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2433077/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3319835/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3355130/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:3558943/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:483218/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:570853/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:576329/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:643226/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:667364/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:712180/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:747634/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:982601/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:993912/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1850973/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1118896/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1153713/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1156028/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1207862/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1267202/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1268302/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1279134/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1340788/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1351119/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1404848/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1420024/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1674106/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1110088/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1855331/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:1892180/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2017404/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2019834/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2034874/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2071131/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2085723/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2133727/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2153077/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2271487/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2292420/1‑56 (MQ=255) cgcAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGtt  >  1:2358115/1‑56 (MQ=255)                                                        | CGCAGCTTAAAGCTGTGCACTGGCTGGCGATCTTCGCGCTTCACCAGAATGACGTT  >  minE/2443092‑2443147

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑