Missing coverage evidence...
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GCGTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTAAA  >  minE/2475176‑2475237                                                              | gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGTTaaa  <  1:2822085/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1357261/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:638346/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:39961/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3639682/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3606143/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3449554/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3327303/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3180210/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:312514/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3124252/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3108850/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3073756/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3010188/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2710893/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2691918/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2416120/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:108218/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1378854/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1392776/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1407494/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1476459/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1630469/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1660459/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1796069/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1948148/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2016497/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2050819/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2126392/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2234719/62‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGGCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3029218/62‑1 (MQ=255)  cgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:191252/61‑1 (MQ=255)  cgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2980686/61‑1 (MQ=255)  cgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2804535/61‑1 (MQ=255)  cgTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2586074/61‑1 (MQ=255)           ggCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:1807225/52‑1 (MQ=255)           ggCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGGCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:3630049/52‑1 (MQ=255)                  aaCATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:784745/45‑1 (MQ=255)                          aGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTaaa  <  1:2510269/37‑1 (MQ=255)                                                              | GCGTGGTGCTGGCGGTTAACATTCCAGGGCTGAAGTCTGGCGAACTGGTGCTGGATGGTAAA  >  minE/2475176‑2475237

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑