Missing coverage evidence...
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ATGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACGG  >  minE/2478028‑2478089                                                              | aTGAGTATGGTTGATACTGCCGCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:492247/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAGACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1046462/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTTCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1302126/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:447920/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:307578/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3169208/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3347561/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3526044/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:352944/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3540315/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3548399/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3583170/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3604002/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:3030815/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:564541/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:670551/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:725081/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:743390/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:915516/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:965950/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:988932/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2756787/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1091189/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1133760/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1142694/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1230663/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1671183/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1706806/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1835520/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2059879/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2204913/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:259846/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2623433/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:270298/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2853057/62‑1 (MQ=255) aTGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCCACTACgg  <  1:337786/62‑1 (MQ=255)  tGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2582125/61‑1 (MQ=255)            tGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2134668/51‑1 (MQ=255)                aCTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:2605538/47‑1 (MQ=255)                   gCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACgg  <  1:1963566/44‑1 (MQ=255)                                                              | ATGAGTATGGTTGAAACTGCCCCGAGTAAAATTCAGGTTCGTAATTTGAACTTCTACTACGG  >  minE/2478028‑2478089

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑