Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2544246	2544288	43	46 [0]	[0] 3	rfaL	O‑antigen ligase

AATATAAATATTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATC  >  minE/2544184‑2544245                                                              | aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCGCGAAATGGCGAATTATc  >  1:3029448/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:3504674/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2657366/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2725613/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2755656/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2929016/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:311158/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:3139025/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:3184074/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:332963/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:3368354/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:3370411/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2529789/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:3563493/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:381778/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:495282/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:542918/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:569062/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:662052/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:689228/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:747332/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:929468/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:999294/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1700109/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:108296/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1136364/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1172873/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1195277/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1311495/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1317000/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1321688/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1354693/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:145721/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1669457/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1686596/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:107272/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:1757310/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:195910/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2235198/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2252501/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2295263/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2298479/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2326739/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2392742/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2421244/1‑62 (MQ=255) aatataaatatTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATc  >  1:2435793/1‑62 (MQ=255)                                                              | AATATAAATATTTTGGCAGTATTTAAATAACTATGGTAAGTAGCACGAAATGGCGAATTATC  >  minE/2544184‑2544245

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑