Missing coverage evidence...
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TTCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCT  >  minE/2616419‑2616480                                                              | ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:2904735/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:924789/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:86363/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:836404/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:789601/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:781139/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:732672/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:731221/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3629872/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3434303/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3332289/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3067466/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3051422/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3040835/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1115825/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:2666068/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:2479333/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:2138515/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1804503/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1804199/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1799705/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1635255/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1579922/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1566230/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1543548/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1378156/62‑1 (MQ=255) ttCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:1267917/62‑1 (MQ=255)                     ggCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:3324989/42‑1 (MQ=255)                          tAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCt  <  1:2849647/37‑1 (MQ=255)                                                              | TTCCCGGCATTGGGTGTAGTGGCGGTAAAAGCGGTTCCGCAGCAAAATCAGGGGGCGGCGCT  >  minE/2616419‑2616480

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑