Missing coverage evidence...
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CTCTGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTG  >  minE/2745233‑2745293                                                             | ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:3158695/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1004546/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2388246/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2457585/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2601631/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2608790/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2663623/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2745257/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2965519/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2998928/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:306399/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2369026/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:3475472/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:3539354/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:3641975/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:670194/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:670196/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:700914/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:815182/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:857806/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:934346/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2138300/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1055997/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1082867/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:113458/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:114299/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1308346/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1391787/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1411365/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1526647/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1568291/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1704281/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1711103/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1765745/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1770510/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1827295/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1883279/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1912848/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2002429/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:2336586/61‑1 (MQ=255) ctctGATGTGAACGCTACCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:3075135/61‑1 (MQ=255)   ctGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTg  <  1:1077680/59‑1 (MQ=255)                                                             | CTCTGATGTGAACGCTTCCGACGAAGATCGTTGGAACGCTGTTCTCAAGCTGCAGACTCTG  >  minE/2745233‑2745293

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑