Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2816459	2816465	7	81 [0]	[0] 33	soxR	DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing

GCTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAG  >  minE/2816423‑2816458                                    | gcTGCATTTCTATGAAAGTGAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2723433/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTATAGGGTTGATTACCAg  <  1:1971969/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTATAGGGTTGATTACCAg  <  1:54892/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAATGGTTGATTACCAg  <  1:2858484/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3467878/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3595767/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3464687/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3405359/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3205572/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3175403/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3139862/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3138604/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3137975/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3087162/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3060676/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2914640/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2867480/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2851900/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2848924/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:284285/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2793447/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2750326/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:651120/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:99116/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:96330/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:934406/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:91980/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:822568/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:797906/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:796712/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:773697/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:731655/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:354285/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:647953/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:506659/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:475932/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:412987/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3649323/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3642313/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:3616175/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2718782/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1608585/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:100417/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2134798/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2093218/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2068565/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1936111/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1915758/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1834910/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1715547/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1650044/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2177206/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1561167/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1471137/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1338230/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1323934/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1127265/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1031814/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1030494/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1020142/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2199870/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2692504/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2659819/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2657573/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2646531/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2645843/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2577703/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2568355/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2526886/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2520574/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2510161/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:249960/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2281790/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2281240/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2274067/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2266038/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:222916/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:2216012/36‑1 (MQ=255) gcTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:218118/36‑1 (MQ=255)  cTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:1623961/35‑1 (MQ=255)  cTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAg  <  1:696211/35‑1 (MQ=255)                                    | GCTGCATTTCTATGAAAGTAAAGGGTTGATTACCAG  >  minE/2816423‑2816458

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑