Missing coverage evidence...
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GCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGT  >  minE/272871‑272931                                                             | gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3542079/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:303450/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3065742/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3087669/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:313564/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3136575/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3253465/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3292925/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:35056/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3527849/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1227623/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:3596248/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:486965/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:558378/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:630913/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:766817/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:772436/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:794923/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:955996/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:998534/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1917378/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1215185/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1394226/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1447985/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1571707/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1590969/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1717909/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1730292/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1879659/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1888505/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2829224/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1959995/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:1991056/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2107352/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2409913/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2427734/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2616439/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2644166/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2768404/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2773511/61‑1 (MQ=255) gCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGAACCTGTTTGCAAAGt  <  1:498513/61‑1 (MQ=255)       aTAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGt  <  1:2841558/55‑1 (MQ=255)                                                             | GCTACAATAAGGTTGCGGTACGCGCAGCCAGCCCTGAACTTCATGACCCTGTTTGCAAAGT  >  minE/272871‑272931

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑