Missing coverage evidence...
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CATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCG  >  minE/298236‑298296                                                             | cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAccgccg  <  1:1511715/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3161224/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1179042/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2695252/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2877261/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2928649/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2937432/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2986307/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3054676/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3076166/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3095597/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3153081/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2631724/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3247396/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3254157/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3262547/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3376934/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3394225/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:3560248/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:417440/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:75074/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:918703/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1709528/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1337256/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1359309/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:135964/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1380181/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1403367/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1435805/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1508826/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2608417/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1806247/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1816835/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1946870/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2287378/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2447747/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2548438/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2551498/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2578648/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGACg  <  1:1843085/61‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGACGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:1462593/61‑1 (MQ=255)  aTTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:758249/60‑1 (MQ=255)     gtgGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:2470946/57‑1 (MQ=255)            gTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:767996/50‑1 (MQ=255)                          tACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCg  <  1:485862/36‑1 (MQ=255)                                                             | CATTGTGGAACGTGGTAGTGCTGCGTACAGCCGTATTCGCGCGATGCTGGCGGAAGCGCCG  >  minE/298236‑298296

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑