Missing coverage evidence...
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CAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCA  >  minE/313411‑313472                                                              | cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGTACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1922257/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3573457/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:29912/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3014445/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3091732/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3145376/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:319585/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3398025/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3515444/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:2926427/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:3600547/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:567050/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:642937/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:712309/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:724590/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:755136/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:755669/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1187780/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:2510089/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:2371971/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:2347959/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:2043864/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1889953/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1877620/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:183918/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1832194/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1675138/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1586576/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1585775/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1577689/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:15775/1‑62 (MQ=255) cAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCa  >  1:1408564/1‑62 (MQ=255)                                                              | CAGGCGCAGGAAGTCGTTGCTGGACTGGGTCACATCAACGTAGATCGGATCAAGTTGCTGCA  >  minE/313411‑313472

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑