Missing coverage evidence...
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TTTCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGTT  >  minE/406201‑406261                                                             | tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2611927/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:882958/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:525506/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:473848/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:440357/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:3595345/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:3584721/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:3554670/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:3325703/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:3262727/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2901821/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2869770/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2771703/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2711187/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2689687/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2687664/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1043824/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:2558751/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:242420/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1959619/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1958659/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1881271/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1872044/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1810623/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1794722/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1516662/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1499974/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1393211/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1217876/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1183555/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1136567/1‑61 (MQ=255) tttCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGtt  >  1:1051260/1‑61 (MQ=255)                                                             | TTTCGGAAAACGACGCAGGTACTCGGTAAAACCGGTTTGTACCCAGTCCGGCATTTTCGTT  >  minE/406201‑406261

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑