Missing coverage evidence...
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TGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTG  >  minE/428156‑428199                                            | tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3258913/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2658140/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2665549/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2855511/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2971034/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3051857/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3057877/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3091586/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:324425/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3245532/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2528885/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3263947/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3454752/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:3461448/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:483434/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:545565/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:659339/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:743010/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:769243/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:888486/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1977377/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1132716/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1153601/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1209048/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1353720/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1466042/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1512108/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1877569/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1912449/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1937587/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:1019671/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2077737/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2136148/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2197104/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2205519/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2209366/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2280890/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2338870/44‑1 (MQ=255) tgtgGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTg  <  1:2490065/44‑1 (MQ=255)                                            | TGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTG  >  minE/428156‑428199

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑