Missing coverage evidence...
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GCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCT  >  minE/481372‑481433                                                              | gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGTTATGCt  <  1:299012/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2815227/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1064573/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:246945/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2517204/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2525752/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2566408/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2576885/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2613624/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2699514/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:273237/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:279494/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2802307/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2349790/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2928379/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:3106681/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:3157953/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:3218897/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:3226092/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:3339408/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:360405/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:814838/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:859395/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1583136/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1211560/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1227242/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1258387/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1354380/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1393121/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1470828/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1545781/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1570498/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1581451/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2267022/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1593743/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1739318/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1747638/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1755254/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:178507/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1801085/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1837846/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1873180/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2101591/62‑1 (MQ=255) gCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:2245304/62‑1 (MQ=255)  ccTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:1876932/61‑1 (MQ=255)  ccTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:611737/61‑1 (MQ=255)                         gTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCt  <  1:3295770/38‑1 (MQ=255)                                                              | GCCTTTGTGGTACGTAAAATGACGGTGGAATATTACGCACCTGCGCGGCTCGACGATATGCT  >  minE/481372‑481433

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑