Missing coverage evidence...
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AGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATACAACA  >  minE/519159‑519218                                                            | aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3444012/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1076839/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2428406/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2433728/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2450388/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2705422/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2994697/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3042031/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3088485/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3092636/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3358680/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2402166/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3461276/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:3637870/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:375543/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:516004/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:57769/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:677663/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:681517/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:68775/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:981010/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1717024/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1144228/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1167316/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1297200/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1298028/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1373285/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1384917/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1560514/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1570899/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1651242/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1693868/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2390377/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1727380/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1743378/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:1934222/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2007566/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2040516/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2065197/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2315808/60‑1 (MQ=255) aGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2325785/60‑1 (MQ=255)        gtgAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATacaaca  <  1:2939724/53‑1 (MQ=255)                                                            | AGTTGGTGTGAAACTCGGCTGTATTAATCACGCGATGTTGACTGCACAGGTAATACAACA  >  minE/519159‑519218

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑