Missing coverage evidence...
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CTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGA  >  minE/529346‑529407                                                              | cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2755666/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:846418/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:834798/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:809127/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:752184/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:74561/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:3619183/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:3604763/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:3284216/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:3282643/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:3122780/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2905286/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2876065/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2825766/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2778738/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1037435/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2219147/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1154570/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1200/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:127864/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1427756/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1647869/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1868696/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:1937780/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2647689/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2262671/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2406799/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2414684/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:25612/62‑1 (MQ=255) cTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2629717/62‑1 (MQ=255)  tCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:810555/61‑1 (MQ=255)   cAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:2493132/60‑1 (MQ=255)            gAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGa  <  1:3120155/51‑1 (MQ=255)                                                              | CTCAAAAACCTGAACGCCGCCTTTAACCAGATAGTTATACAGCAAGCGCGCACCGACTCTGA  >  minE/529346‑529407

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑