Missing coverage evidence...
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CTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGT  >  minE/977035‑977096                                                              | ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCCGGCCAGCCATTggtggt  <  1:5868/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:3482588/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2481523/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1065368/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2625169/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2711093/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2755578/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2988444/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:3001678/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:3107063/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:3310031/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2518092/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:366135/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:444800/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:510078/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:647740/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:702033/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:793347/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:847698/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:960925/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2198341/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1329566/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1393589/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1635766/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1651224/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1723523/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1826965/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1833465/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1863313/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1910385/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1944998/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:1978256/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2134383/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2136740/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2140876/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2144124/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2183845/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2303582/62‑1 (MQ=255) ctgctgCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCACGCCAGCCATTggtggt  <  1:3071485/62‑1 (MQ=255)  tgctgcAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2080053/61‑1 (MQ=255)             cTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:2634820/50‑1 (MQ=255)                     aCCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:278140/42‑1 (MQ=255)                         ggCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTggtggt  <  1:289969/38‑1 (MQ=255)                                                              | CTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGT  >  minE/977035‑977096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑