Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1039115	1039318	204	56 [0]	[0] 3	[rsxE]–[nth]	[rsxE],[nth]

ACCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAT  >  minE/1039053‑1039114                                                              | tccGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:210450/2‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCTTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:388627/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3512552/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2772275/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2911461/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2912890/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3092159/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3094848/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3137096/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3198808/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3260453/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3315277/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3345813/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3371539/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3393092/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3406792/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2765345/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:355302/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3600683/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3606067/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:544090/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:574022/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:634467/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:725742/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:785354/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:844737/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:911581/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:99595/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2166842/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1217033/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1388248/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1461759/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1516467/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1697987/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1760038/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1848985/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1860624/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1916691/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1949603/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2067180/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2129430/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:215399/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:1022599/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2238413/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:233863/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2412658/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:24285/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:245317/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2458240/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2493240/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2537861/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2569426/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2569527/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2619738/1‑62 (MQ=255) acCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:2690462/1‑62 (MQ=255) acCGAATCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAt  >  1:3340346/1‑62 (MQ=255)                                                              | ACCGACTCCCCTTTCCTGCTGGCGATGCTGCCACCAGGTGCATTTATTGGCCTGGGACTGAT  >  minE/1039053‑1039114

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑