Missing coverage evidence...
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TTATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTATT  >  minE/1042273‑1042334                                                              | ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3558924/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2682799/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:291490/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2942983/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2987472/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2996396/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2997275/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3080745/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3117127/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3165093/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3244590/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3491283/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2651598/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:3640136/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:370623/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:431924/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:441223/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:475042/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:556694/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:652374/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:770664/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:916427/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:995950/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2017531/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1066854/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1249649/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1321738/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1367915/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1372451/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1488665/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:163775/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1708334/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1790680/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1899321/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1984077/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:1017895/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2021674/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2144882/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2190086/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2325125/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2334152/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2420713/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2453564/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2513524/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2622296/1‑62 (MQ=255) ttATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTAtt  >  1:2646425/1‑62 (MQ=255)                                                              | TTATGCAGTATCTTGCCGACAGCGTCCCCGACCGCCAGTTGCTGGCACCGGTAAACAGTATT  >  minE/1042273‑1042334

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑