Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1048313	1048353	41	57 [0]	[0] 30	slyA	DNA‑binding transcriptional activator

CGACGATCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTGG  >  minE/1048259‑1048312                                                      | cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACTCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1468679/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTATCCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:8762/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3627605/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2626930/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2660700/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2812528/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2864357/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2866875/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2876410/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2990317/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3064306/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3134336/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3206884/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3308917/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3325941/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3407368/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:3573820/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2558773/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:404551/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:442054/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:680230/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:730683/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:737927/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:753629/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:775748/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:791268/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:870216/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:955228/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:992570/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1803416/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1087504/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1112859/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1130425/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1161338/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1166185/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1232481/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1258989/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1274339/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1284240/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1334305/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1564067/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1733019/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1782219/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2626182/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1832979/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1885005/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1890046/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:1936229/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2022539/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2042425/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2159391/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2218902/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2274654/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2352123/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2362174/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:2488427/1‑54 (MQ=255) cgacgaTCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTgg  >  1:102733/1‑54 (MQ=255)                                                      | CGACGATCGCTGGCACAAGTTTGACGCGAAATTAACCCTTTTTCTTCCAGTTGG  >  minE/1048259‑1048312

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑