Missing coverage evidence...
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TGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTT  >  minE/1084683‑1084744                                                              | tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:2617611/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:976953/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:868127/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:62372/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:421449/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:373776/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:362453/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:3612209/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:3162578/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:3151899/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:3021879/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:1456997/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:2575222/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:2275660/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:2214618/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:2164821/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:1997394/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:1605579/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:1545471/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:1522477/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:150891/62‑1 (MQ=255) tGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGtt  <  1:1462050/62‑1 (MQ=255)                                                              | TGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTT  >  minE/1084683‑1084744

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑