Missing coverage evidence...
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CCAAACCAGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACTT  >  minE/1110277‑1110338                                                              | ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2616669/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:950260/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:68059/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:666644/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:61565/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:448236/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:3578476/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:3563534/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:3478904/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:3414974/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:3202807/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:3107660/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2978211/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2941581/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2925434/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:287415/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2113664/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1108403/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1280825/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1325985/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1383477/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1486621/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:156293/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1963140/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1977771/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:1088451/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2159621/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2169995/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2249495/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2254889/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2323615/62‑1 (MQ=255) ccaaaccaGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2326971/62‑1 (MQ=255)                  aaaaaTGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACtt  <  1:2790321/45‑1 (MQ=255)                                                              | CCAAACCAGCCGGTACGAAAAATGATCATGGGACATGCGAAGAAAATTGGGCTGATCAACTT  >  minE/1110277‑1110338

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑