Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	87458	87461	4	68 [0]	[0] 7	ddlB	D‑Alanine:D‑alanine ligase

AGCCGCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGC  >  minE/87408‑87457                                                  | agccgCGAAGTTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3051020/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGGATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1871691/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGATAATGc  >  1:3493071/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3048164/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3270233/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3217606/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:318955/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3110765/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3088321/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3548/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3024791/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3000903/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2966581/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2962275/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2914618/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2751110/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2748255/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:638794/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:977408/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:908549/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:888013/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:869009/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:854948/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:849026/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:721517/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:659710/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:274375/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:505660/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:497424/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:421562/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:420806/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:381849/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3637908/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:3612126/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1478408/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1115831/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1818641/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1766467/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:174378/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1713118/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1711731/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:151142/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1504395/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1819597/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1463126/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1462539/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1407234/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1301556/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1233021/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1217835/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1133075/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:237527/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2725084/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2719905/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2619333/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2574776/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2570463/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2500301/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:248563/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1841906/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2316774/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2275651/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:2016027/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1972163/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1939677/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:188262/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGc  >  1:1881983/1‑50 (MQ=255) agccgCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAAAGc  >  1:843483/1‑50 (MQ=255)                                                  | AGCCGCGAAGGTTCCAGTGTGGGAATGTCAAAAGTAGTAGCAGAAAATGC  >  minE/87408‑87457

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑