Missing coverage evidence...
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TACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAT  >  minE/1128422‑1128469                                                | tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:376563/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2992936/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3054498/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3054828/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3141538/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3143324/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3217004/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3226/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3243063/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3247156/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:3260503/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:345191/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2835363/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:465559/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:540672/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:668248/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:671684/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:693056/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:769543/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:780418/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:807351/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:809913/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:844287/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:892842/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2239891/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:122862/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1251756/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1410935/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1540263/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1565425/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1728305/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1791944/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1824035/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1963323/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2139516/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2234496/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:1226929/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2272046/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2387937/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2514004/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:259111/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2594926/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2620742/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2627882/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2627889/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2656836/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2684054/48‑1 (MQ=255) tACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAt  <  1:2744876/48‑1 (MQ=255)                                                | TACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTAT  >  minE/1128422‑1128469

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑