Missing coverage evidence...
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CGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGC  >  minE/1139752‑1139811                                                            | cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:3463091/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2757540/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2758775/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2765431/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2771974/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2833383/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:3249471/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:3299635/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:3345738/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:3395919/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2738157/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:350315/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:3531681/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:357814/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:362941/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:393237/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:478480/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:667911/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:680646/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1954822/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1503194/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1588285/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1631573/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1749667/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1776735/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1826978/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1887558/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1041608/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2022412/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2149165/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2191709/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2271890/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2293244/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2333274/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2360496/60‑1 (MQ=255) cGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:2398325/60‑1 (MQ=255)  ggTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTcgc  <  1:1813486/59‑1 (MQ=255)                                                            | CGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGC  >  minE/1139752‑1139811

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑