Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1146475	1146502	28	57 [0]	[0] 5	chbR	DNA‑binding transcriptional dual regulator

CGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAA  >  minE/1146413‑1146474                                                              | cggcACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2743634/59‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:417765/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2835472/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2844531/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2852458/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3127363/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3215148/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3263558/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:34367/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3439905/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3474676/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3509090/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:3579180/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:404512/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:264402/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:451613/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:516821/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:517157/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:518480/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:589631/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:598590/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:630831/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:63809/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:744875/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:881545/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:887659/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:943679/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:998660/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1864035/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:117550/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1207230/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1251892/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1260526/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1299636/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1320570/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1430376/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1492094/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:15793/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1592641/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1642455/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:168311/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1751279/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1836840/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1127011/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1866829/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1904619/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1905501/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1934150/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1957706/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:1990774/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2009622/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2018001/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2075555/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:219293/62‑1 (MQ=255) cGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2371192/62‑1 (MQ=255)  gTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2190575/61‑1 (MQ=255)                         cAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATtaa  <  1:2868896/38‑1 (MQ=255)                                                              | CGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAA  >  minE/1146413‑1146474

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑