Missing coverage evidence...
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GGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGT  >  minE/1190843‑1190904                                                              | ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:3234663/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:256207/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2564043/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2724042/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2729984/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2861989/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2937288/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:3108572/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:3202492/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1071856/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:3429382/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:3452042/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:3520481/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:527991/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:549793/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:58074/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:60051/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:635862/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1440265/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2158392/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2154378/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2106257/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2064378/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:101564/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2024427/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1500335/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:179186/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1690241/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2470676/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1640570/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1587215/62‑1 (MQ=255) ggAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1537115/62‑1 (MQ=255)  gAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:609049/61‑1 (MQ=255)  gAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1663897/61‑1 (MQ=255)  gAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:807833/61‑1 (MQ=255)  gAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1279798/61‑1 (MQ=255)  gAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2818802/61‑1 (MQ=255)  gAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:2501099/61‑1 (MQ=255)   aaaTCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1144065/60‑1 (MQ=255)            ccGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAgttggt  <  1:1803957/51‑1 (MQ=255)                                                              | GGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGT  >  minE/1190843‑1190904

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑