Missing coverage evidence...
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AACGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCTTCGTCGG  >  minE/1208804‑1208871                                                              |       aaCGTCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2195512/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCTCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2907236/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCTATAGCGTTATCtt        <  1:2035089/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTGTCtt        <  1:3591912/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3342691/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2722471/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1021261/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2748181/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2805139/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2940872/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3087858/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3209630/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2735920/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3423370/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3539250/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3596513/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:537149/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:724015/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:847898/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:898429/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:923724/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:251392/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1102200/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1187350/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1215417/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1463376/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1511741/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1751913/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:177706/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1921071/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1925739/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1974931/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2059041/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2067678/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2468035/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2505778/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2650928/62‑1 (MQ=255) aaCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGAGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:290552/62‑1 (MQ=255)  aCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:3452048/61‑1 (MQ=255)  aCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2858069/61‑1 (MQ=255)  aCGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:76577/61‑1 (MQ=255)       cccACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCTTCGTCgg  <  1:2511421/62‑1 (MQ=255)             ctgctgGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:2428782/50‑1 (MQ=255)             ctgctgGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:1099618/50‑1 (MQ=255)              tgctgGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:351387/49‑1 (MQ=255)                 tgGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCtt        <  1:366581/46‑1 (MQ=255)                                                              |       AACGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCTTCGTCGG  >  minE/1208804‑1208871

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑