Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1217119	1217131	13	17 [0]	[0] 44	prc	carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3

CATAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACCCGT  >  minE/1217058‑1217118                                                             | caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCTCGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:438882/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:3516551/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:674927/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:535495/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:507759/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:507092/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:491764/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:469736/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:3642264/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:1210862/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:2540859/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:2414857/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:2191200/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:2191199/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:1864398/61‑1 (MQ=255) caTAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:1742153/61‑1 (MQ=255)              aTCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACccgt  <  1:3049328/48‑1 (MQ=255)                                                             | CATAAGTCGCGGCATCAATGCTATCCCACGGCAGCGCGTTATCTTCGAATTTCTCACCCGT  >  minE/1217058‑1217118

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑