Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1219176	1219180	5	86 [0]	[0] 33	proQ	predicted structural transport element

TGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCG  >  minE/1219115‑1219175                                                             | tgCCTTAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2156577/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCTCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2730434/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCGAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2042079/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3013616/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3481061/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3369200/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3309533/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3289290/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3230328/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3141165/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3124414/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3119395/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3117626/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3490240/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2893188/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2821090/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:268095/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2674008/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2650042/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2571545/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2558853/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2531497/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:513683/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:965464/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:938020/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:864096/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:753644/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:702126/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:699047/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:692789/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:666446/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:563523/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:55711/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2508283/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:506654/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:427834/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:36309/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3627121/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3622198/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3578858/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3551605/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3538426/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3537155/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:3534954/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1381505/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1872477/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1686501/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1666520/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1619458/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:158348/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1528238/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1478580/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1442188/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1441083/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1406529/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1887662/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1369699/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1281372/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1281319/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1241476/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1197323/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1191970/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1162986/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1096894/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1080531/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2094689/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1049980/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2506995/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2494811/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2449294/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2441731/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2341310/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2274639/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2272242/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2188137/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2120914/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2510159/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2071416/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2063559/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2026447/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2003057/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:2002311/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1976249/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:195876/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1922758/1‑61 (MQ=255) tgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCg  >  1:1909997/1‑61 (MQ=255)                                                             | TGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCG  >  minE/1219115‑1219175

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑