Missing coverage evidence...
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GCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTG  >  minE/1225142‑1225203                                                              | gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGTCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:646355/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2662269/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:984658/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:95803/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:794214/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:735670/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:68020/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:622333/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:353517/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:3490302/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:3152890/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:3094467/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2941906/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2689929/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2579968/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1251878/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2334926/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:229036/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2225569/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:2157772/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1689782/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1672338/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1255837/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:160043/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1598784/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1562348/62‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1272644/62‑1 (MQ=255)  cgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1097820/61‑1 (MQ=255)  cgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:508581/61‑1 (MQ=255)  cgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:267226/61‑1 (MQ=255)                           gcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTg  <  1:1162439/36‑1 (MQ=255)                                                              | GCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTG  >  minE/1225142‑1225203

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑