Missing coverage evidence...
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GCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCG  >  minE/1247371‑1247432                                                              | tcacGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2515443/59‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:3336574/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2699122/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2784111/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2889244/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2895638/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2909644/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2960645/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:31214/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2482006/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:3387996/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:3439378/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:3459576/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:3610827/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:48941/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:815518/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:817260/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:103192/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2155639/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2096732/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:2084307/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:202355/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1853609/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1794344/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:170820/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1694772/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1609983/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:157611/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1307467/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1084413/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1055232/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1052269/56‑1 (MQ=255)       cTGTGCCGCGGGTCCGCT‑GGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCg  <  1:1500616/55‑1 (MQ=255)                                                              | GCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTTCGTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCG  >  minE/1247371‑1247432

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑