Missing coverage evidence...
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CGCAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCA  >  minE/1284359‑1284419                                                             | cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:3207457/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1255670/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2759338/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2766012/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2770323/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:295201/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2975614/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:3020183/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:3032551/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2727616/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:3444453/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:3585319/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:733142/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:779710/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:876485/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:956101/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:983944/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1954684/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1277113/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1304397/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1361261/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1468648/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1602819/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1658394/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:1942635/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2707074/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2161889/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2228296/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2287043/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2326160/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2589705/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2603988/61‑1 (MQ=255) cgcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCAGGCCCGGCa  <  1:3444581/61‑1 (MQ=255)  gcAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2503757/60‑1 (MQ=255)          gACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:730238/52‑1 (MQ=255)           aCCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCa  <  1:2459858/51‑1 (MQ=255)                                                             | CGCAGTCACGACCGCTGGTGGAATGCAAACAGTAGATATAACGCTGGTGGCTGGCCCGGCA  >  minE/1284359‑1284419

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑