Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1286911	1286981	71	74 [0]	[0] 48	[shiA]	[shiA]

GGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTACC  >  minE/1286863‑1286910                                                | ggTAGTCTCATAAGTTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:937501/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2907485/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3238137/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3225334/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3215348/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3202581/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3171611/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3060033/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2987159/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2931977/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2931677/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3238282/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:288878/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:287135/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2844481/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2752708/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2624204/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1010359/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2572984/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:507425/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:993426/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:98160/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:799150/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:779170/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:728545/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:689513/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:639843/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:510920/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2616691/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:455187/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:381642/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3513806/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3503423/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3487008/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3448902/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:3299916/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1285559/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1807002/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:176870/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1710435/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1661630/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1652289/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1565380/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1456697/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1306856/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2419901/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1243516/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:122942/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1165001/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1122675/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1111678/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1078944/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1055358/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2024060/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2443865/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2415086/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2279352/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2274020/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2222653/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2185594/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1822026/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2010666/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:200070/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1976171/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1955419/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:187767/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1861251/48‑1 (MQ=255) ggTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGAACGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1326213/48‑1 (MQ=255)  gTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2919354/47‑1 (MQ=255)  gTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:2139562/47‑1 (MQ=255)  gTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1625026/47‑1 (MQ=255)  gTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:1722148/47‑1 (MQ=255)     gTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:729785/44‑1 (MQ=255)         aaTAAGGTTCTTTTATTGATCGACGGCAATGTGAGTTAcc  <  1:589442/39‑1 (MQ=38)                                                | GGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTACC  >  minE/1286863‑1286910

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑