Missing coverage evidence...
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TCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAGC  >  minE/1332123‑1332184                                                             |  tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGCCGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:365372/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGATGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1406887/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:280324/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:81315/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:757666/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:648005/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:536740/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:529803/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:42230/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:409327/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:381327/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:3570869/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:3344857/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:3289509/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:324986/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2810083/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1060379/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2763872/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2692469/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2652784/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2369049/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2306942/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:205676/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:2044002/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1649969/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:157916/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1534223/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1451796/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1131117/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1101398/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAg   >  1:1072434/1‑61 (MQ=255) tCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAGc  >  1:3508501/1‑62 (MQ=255)                                                             |  TCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGGTGACCAGGCCAGATTCAGC  >  minE/1332123‑1332184

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑