Missing coverage evidence...
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GACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCA  >  minE/1336051‑1336112                                                              | gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2850919/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:912954/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:907432/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:790613/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:679171/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:558629/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:554894/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3616928/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3529969/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3523157/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3505545/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3202538/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3122840/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:3011659/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2947497/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1083307/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2759408/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2698928/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2675493/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2406342/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2281115/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:2260434/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1996912/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1865041/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1637594/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1604414/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1428407/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1351549/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1283452/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:1217053/1‑62 (MQ=255) gACGGAAACCACAATCCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCa  >  1:670232/1‑62 (MQ=255)                                                              | GACGGAAACCACAATGCCCTTCTCTTCAACGCCCGTGCCTTCAAAGCGCAGTTTGATGCCCA  >  minE/1336051‑1336112

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑