Missing coverage evidence...
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CAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCCGT  >  minE/1339855‑1339916                                                              | cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTAGCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1612288/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:106677/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:362270/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3574747/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3387566/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3274149/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3264459/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3242957/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3230122/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3226083/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3106050/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:445233/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:2420620/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:2238917/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:213579/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1860043/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:557077/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1414953/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:602412/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:60766/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:664234/62‑1 (MQ=255) cAGTTCAATTTTGTCG‑CCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:228577/61‑1 (MQ=255)  aGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1076552/61‑1 (MQ=255)  aGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:3592211/61‑1 (MQ=255)  aGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:2809589/61‑1 (MQ=255)  aGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1319065/61‑1 (MQ=255)  aGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGGTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1406012/61‑1 (MQ=255)   gTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:920761/60‑1 (MQ=255)                   cAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1351943/44‑1 (MQ=255)                            catcTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCcgt  <  1:1831478/35‑1 (MQ=255)                                                              | CAGTTCAATTTTGTCGCCCAGCGCCATCATCTCGCGTACCAGTTGCTGGTTAGTTTTGCCGT  >  minE/1339855‑1339916

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑