Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	1442263	1442313	51	48 [0]	[0] 39	rcsD	phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

TTGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGATTAT  >  minE/1442201‑1442262                                                              | ttGCTGCCGCATTTGAATCTGGAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:291095/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3551389/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:2932043/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3058288/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3073501/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3075889/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3165403/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:322301/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3237229/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3246949/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3279197/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3344685/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:2824354/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3561614/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3583063/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:3590781/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:382712/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:545323/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:646942/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:674920/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:691695/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:798674/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:841337/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:894739/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:282207/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1172514/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1187985/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1198515/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1221208/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1293426/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1299814/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1335127/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1370036/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1420468/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1485828/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1491522/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1802069/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1856924/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1937048/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1956246/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:212440/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:2171393/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:2205292/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:2612019/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:264499/62‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1070791/62‑1 (MQ=255)  tgctgcCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:1523303/61‑1 (MQ=255)  tgctgcCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGattat  <  1:2757367/61‑1 (MQ=255)                                                              | TTGCTGCCGCATTTGAATCTGCAAAACATCACCACCATGGCGGAACAGCATCAGGGGATTAT  >  minE/1442201‑1442262

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑