Missing coverage evidence...
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CATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCA  >  minE/1496913‑1496973                                                             | caagcgcCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1787949/4‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGCCGTCCTTCCa  >  1:1908860/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:3163505/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:105918/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2435317/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2521155/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2588512/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2753698/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2860026/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2885326/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:3023629/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:3112749/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2414442/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:3227/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:3412731/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:352322/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:3599898/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:369054/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:481799/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:484357/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:722849/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:907455/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2369874/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1064342/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1074512/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:122612/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1285217/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1394415/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1401666/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:147470/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1606317/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1882105/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:1959578/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2005594/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2161154/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:219443/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2290642/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2302781/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2356737/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:2407233/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAACGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:850844/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGATTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:263765/1‑61 (MQ=255) cATGCGCCGGAGCTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCCCGACGTCCTTCCa  >  1:1643231/1‑61 (MQ=255) cATGCGACGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCa  >  1:39479/1‑61 (MQ=255)                                                             | CATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCA  >  minE/1496913‑1496973

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑